A Torre dos Desafios é uma das opções de jogos do Mortal Kombat 9, onde você terá que passar por 300 desafios, em que você usa um lutador para praticar algumas missões, e vai mudando de personagem suscetivamente até o final. Caso derrote toda a Torre, a recompensa é a terceira roupa de Mileena, que ela só usa alguns trapos, quando ela ataca Kitana nos Flesh Pits, mas tem que passar todos os desafios.
Os Desafios envolvem lutas normais, lutas com condições específicas, e jogos como Test Your Might, Test Your Sight, Test Your Strike e Test Your Luck. Também é possível controlar outros personagens, como Ruutuu.